先天性心臟病造成病患家屬不小的精神煎熬及經濟負擔。亞東醫院心臟血管外科主任邱冠明表示，依照個別病情狀況、程度，手術過程中有一些可能需要的自費項目。

台北市立聯合醫院忠孝院區院長，小兒、心臟專科醫師黃碧桃指出，目前需要自費項目主要為兒童用血管支架、補片、閉合器，還有部分仿單標示外使用的藥物。

邱冠明表示，若左心發育不全，需要使用到嬰幼兒適用的支架，撐開血管，以順利手術，費用約在二萬至七萬多元左右。另因為嬰兒心臟比成年人更加脆弱許多，為降低出血，可能會用到止血膠，大約一CC需一萬五千元。針對心房中膈缺損手術，若要使用心房中膈閉合器，也需自費十餘萬到二十多萬元。

中華民國心臟病兒童基金會亦指出，健保不給付的醫材，除了適合小朋友規格的血管支架、栓多餘分支血管的栓子、治療肺動脈高壓用藥，與要價昂貴，一顆要新台幣一百萬元的人工心臟等。

對此，邱冠明醫師表示，人工心臟是「心室輔助器」的一種，主要讓心臟的血能夠引流出去，用機器打到肺動脈，嬰幼兒不適用。使用人工心臟也需考量成本效益，如果需要移植，且到達心臟配對、移植機率較高的年紀，在等待移植之過渡、救急時期才可能使用。另也可考慮以葉克膜替代。

長庚兒童醫院兒童心臟內科主任鍾宏濤指出，小兒的肺動脈血管較小，所以需要放適合兒童血管的支架，但目前健保只給付適合成人狹心症、心臟病的冠狀動脈手術等規格的支架。

另外，手術可能用到的人工心血管，若在二、三歲以前，或出生後在二、三公斤左右，血管大約在三公厘左右，就必須採自費使用較細的人工心血管。

鍾宏濤醫師表示，還有心臟中膈缺損，會使用到的「補片」，自費約在幾千元到一萬元左右，主要是防範手術血栓問題，和縫線滲漏問題。

而在用藥部分，除了肺動脈高壓用藥，目前臨床上最常使用的包括強心劑、利尿劑、以及血管擴張劑，只要是國產的，健保都有給付。外國原廠用藥則須自費，不過醫師認為，兩者都是經過衛生署核可的藥物，效果其實差異不大。

忠孝院區院一般內科，心臟內科醫師江碩儒提醒，以心因性猝死個案而言，在一般冠心病以外的兩成患者中，部分可能罹患先天性心臟疾病，建議民眾透過合適的健檢篩檢。

有些先天性心臟病患者會花很多錢購買、或到處打聽服用偏方，邱冠明醫師提醒，先天性心臟病是本身結構異常，破損問題，不可能吃了偏方就可以修復。

中醫師羅明宇表示，部分中藥改善心肌供血及代謝作用。但仍應經過醫師臨床辨證研判使用。